Also ich will mal vermuten dass sich YoYoGames dagegen mit Verträgen abgesichert hat. Das nicht zu tun wäre dumm.

Apple kann dich nicht daran hindern Spiele für iOS zu exportieren. Das hat es nie gegeben und wird es auch nicht. Sie können dich lediglich daran hindern deine exportieren Spiele im AppStore anzubieten. Und das war, wie du es in deinem Post schon gesagt hast früher der Fall. Damals durfte man keine Apps im AppStore anbieten, die nicht mit Apple's Entwicklerwerkzeugen erstellt wurden. Dazu gehörte nunmal auch Flash (bzw. Adobe Air). Dann hat Apple jedoch die Richtlinien für den AppStore geändert und lässt nun auch Apps zu, welche nicht mit xCode erstellt wurden.

@DragonGamer: Ich denke nicht ,dass YYG Verträge mit Apple hat, dass Game Maker Spiele in den AppStore kommen.

Es kann natürlich wieder passieren, dass Apple die Richtlinien ändert. Ich halte das aber für sehr unwahrscheinlich. Außerdem können sie dir nicht den Export verbieten. Das heißt du kannst deine Spiele dann immer noch in den AppStore Alternativen wie Cydia anbieten :P

Appel ist nicht egal was Adobe treibt. Im gegenteil. Sie haben sich ja schon immer gegen Adobe's Flash ausgedrückt und die Verbietung dieses Compilers war die konsequente Fortführung davon.
Ob das GM-Studio wirklich damit vergleichbar ist, ist eine gute Frage. Zum einen ist es ebenfalls eine art compiler einer anderen Sprache, andererseits wird diese ja soweit ich weiss zu C++ oder sowas compiliert, somit ist die Software die man dann aus dem Studio exportiert ja eine der erlaubten Sprachen.

Vieleicht sollte man YoYo fragen. Dass sie nicht doch eine legale Abmachung haben, schließe ich zumidnest nicht aus. Das "wertvollste Unternehmen allerzeiten" hat sowieso garantiert ein paar Dutzend Tausende Verträge mit allen möglichen Firmen.

EDIT: @xxskxx
Es ging ja nicht (nur) darum ob die Apps in den Appstore dürfen sondern ob sie schlichtweg im iOS etwas ändern so dass die apps vom GM-Studio nicht mehr funktionieren (so wie sie es laut Artikel mit den exportierten Apps von Adobe gemacht haben). Aber da beim Studio GML praktsich als C++ exportiert wird (der Runner ist kein Interpreter mehr, hieß es), dürfte das nicht möglich sein.