Du kannst den Spielern die Möglichkeit geben z.B. Texturen (Sprites, Backgrounds) zu überschreiben oder das Verhalten von Gegner oder sonstiges zu ändern (INI-Datein, XML, eigenes Format etc). Wenn du nun dem Spieler die Möglichkeit geben willst stärker das Spiel zu beeinflussen (also mit Extra Scripts), dann ist das nur bedingt "einfach" möglich beim GameMaker.

Die ersten zwei Dinge lassen sich schnell mit den File-Funktionen umzusetzen. Bei den Skripts kannst du mit execute_file (langsam!) arbeiten oder den Code mit object_add einem Objekt hinzufügen, dabei musst du jedoch bedenken das der Mod dann sehr viel verändern kann (unteranderem auch Schadcode kann dadurch ausgeführt werden, für Spieler die einen scheinbar ahmlosen Mod installieren nicht gerade sehr toll).

Du kannst eine LUA-DLL nutzen und dann können Leute die Mods in LUA programmieren, dafür musst du aber wohl eine API basteln (schau dir mal die DLLs an). Für GML und ohne DLL kannst du das hier nutzen: gm-d.de/wbb/index.php/Thread/21051/.
Das ist aber wohl genau so langsam (oder langsamer) als execute_string, dafür hast du mehr Macht zu beschränken was der Code kann.
gm-d.de/wbb/index.php/Thread/21476/, benutzt einen anderen Ansatz, der Code wird durch einen extra Compiler in eine Zwischensprache umgewandelt welcher dann im GM ausgeführt wird. Viele GM Funktionen fehlen und hat evtl noch viele Bugs, ich selbst empfehle mein Runner nicht zu benutzen (du kannst trotzdem mal schauen).


Zusammenfassend, du hast viele Möglichkeiten dein Spiel veränderbar zu machen. Von simplen Texturenpacks bis zu ganzen Code Veränderungen. Bedenke, dass das ganze auch Arbeit brauch und ob es überhaupt zum Umfang deines Spieles passt (welches Minispiel brauch eine Mod Möglichkeit?).