Du musst die Bereiche definieren in denen der Player laufen kann bzw darf. Das kannst du unabhängig von der Grafik machen und diese dann passend zeichnen(oder andersrum), sodass es optisch passt.

Ich würde für soein vorhaben eher zu Tilesets (Backgrounds) greifen. Das ist wesentlich performanter und bietet dafür mehr Vorteile, da du bspw. für eine gleichaussehende Treppe einfach ein vorhandenes Tileset nehmen kannst und du kein riesiges Sprite benötigst.

Für dein 2. Anliegen, da hatte ich irgendwo hier mal ein ganz gutes Tutorial gesehen, vielleicht hilft dir das ja weiter. Aber Zeit solltest du da schon mitnehmen, da das ganze nicht so einfach ist:
Isometrik Game Tutorial - Basics

Viele Grüße
icqgamer

Wenn du dir zB dieses Bild als Background im Room einstellst, dann setzt du noch mit lauter Instanzen eines unsichtbaren Objects das den Ort wo der Spieler herumlaufen kann begrenzt. Sieh dir das Yoyogames, plattformer Tutorial an, sandbox.yoyogames.com/make/tutorials dort wird das Level design nur mit Tiles und Backgrounds gemacht und die eigtl Umgebung mit der man kollidiert ist nur ein unsichtbares Objekt.

Damit kann sich dein Gegner mal rumbewegen und klettert nicht auf die Wände, bei der Treppe iegt einfach die Grafik für den "balkon" am Ende der Treppe über dem Player damit er drutner durch geht also von einem Stockwerk zum anderen.

Dann musst du nurnoch überlegen ob sich die größe des Players verändern soll wenn er weiter hinten ium raum ist.

Für doie Grafiken würde ganz einfach mal nur mit Fläöchen die die Räume darstellen beginnen, die eigtl grafiken kann man dann imernoch machen.

Eventuell musst du bei den Tilesets dann auch noch die Depth anpassen und nicht nur bei den Objekten.
Das geht im Room Editor beim einfügen der einzelnen Tiles.

Gruß, Spellmaker