Ich weis nicht ob dir das wirklich hilft, da ich noch nie ein Spiel mit mehreren Räumen erstellt habe aber vielleicht liegt es daran, einen Versuch ist es ja mal wert.

Wenn zwei Objekte übereinander sind und beide ein Klick Event haben wirst du immer Beide klicken, egal welches über dem anderen ist.
Du müsstest dir eine Prüfung einbauen, eine if Abfrage oder der gleichen um zu bestimmen welche Objekte du in diesem Moment nicht geklickt haben willst.

Also wenn sich zwei Überschneiden, kannst du z.B. dem unteren sagen das es nicht klickbar ist wenn die Maus über der Kollisionsmaske des oberen Objektes ist.
Aber das nur nebenbei, ist ja nicht die Lösung deines Problems.

Ja deswegen war auch mein Ansatz das mit room_persistent = false; wenn du einen Raum wechselst erst mal nichts bestehen bleibt.
Aber keine Sorge musst nur etwas Geduld haben bis ein Profi hier über den Thread stolpert.

Wenn dein Projekt noch klein ist würde es auch helfen wenn du es zipst und hochlädst.

Guck mal bei den Object Properties der Objekte ob ein Haken bei Persistent gesetzt ist. Falls ja, nimm diesen raus. Falls nein, dann guck ob in den Objekten vielleicht eine Zeile Code wie room_goto() oder Ähnliches steht und somit die Objekte "doppelt ausgeführt" werden, da die Objekte dann in den anderen Raum ünernommen werden

Mach mal aus den zwei "Klick Events" zwei "Release Event". Das könnte dein Problem lösen.