Ich hatte mal ein ähnliches Problem mit GMS1. Weiß nicht mehr genau was es gelöst hat, entweder in ein anderes Verzeichnis exportieren oder ein Neustart des Rechners.

Weiß nicht, ob das noch in GMS 2 geht, aber vielleicht löst es das Problem, wenn du den Cache löscht. Bei GMS 1 gab es oben den Besenknopf der das machte

Ist zwar schon 2 Monate alt, aber es liegt definitiv an den Cache.
Ich hatte es auch schon des öfteren, dass ein falsches Icon angezeigt wurde - nicht nur mit dem Game Maker, auch mit normalen Windows-Anwendungen oder anderen Spielen.
Nach einem Durchlauf mit dem CCleaner wurden mir auch die richtigen Icons angezeigt. Ist also kein Problem vom Game Maker würde ich mal behaupten