Erstmal würd ich Instanzen außerhalb des Views deaktivieren, bzw nur diejenigen aktiv lassen, die zwingend erforderlich sind (z.B. controller-Objekte). Das macht man mit instance_(de-/)activate_region. Wenn das nicht hilft, würd ich mir überlegen, ob ich wirklich einen so großen Raum brauche oder ob man das nicht auch so sinnvoll unterteilen kann, dass man nur gelegentlich mal neue Sachen reinladen muss, aber die Gesamtmenge überschaubar bleibt. Quasi das Metroid-Prime-Prinzip - lade immer nur den aktuellen und den zuletzt besuchten Raum und hol dir aus einer internen Liste den Raum, zu dem die nächste Tür führen soll.

Mal so als Frage: Wie viele instancen(objekte) hast du im Raum?

Starte dein Spiel mal im Debugg Modus und schau dir wärend du es spielst die Werte an wie Rechenzeit der Steps (roter Balken) oder Rechenzeit des Draw events (gelber Balken).
Vielleicht fallen dir beim Spielen dadurch irgendwelche ungewöhnlichen Rechenintensiven Gebiete auf, dann weist du schon mal wo du suchen musst.
Ich meine weil du sagst es läuft zwischendurch normal und dann wieder nicht.

Gibt es eventuell Events (Timer etc.) die vielleicht bei allen Objekten Zeitweise gleichzeitig auftreten?

Also wirklich, was tust du mit den Räumen..... XD