*argh* Krampf... ein Bitmap im Internet.
Bitte in jpg umwandeln.

Zu deinem Problem:
Erweitere einfach die Boundingbox, die sich dann natürlich mitdrehen muss.
Außerdem gibt es diese art von Fehler auch in vielen kommerziellen Spielen,
ist also nicht sonderlich gravierend.

Falls das Spiel nur Singeplayer ist kannst du die Waffe auch einfach als 2D-Sprite
auf den Bildschirm drawen lassen (wie z.B. damals in Doom).

Edit: So, jetzt hat sich das Bild fertig geladen, und was muss ich sehen: deine Wände bestehen anscheinend aus einem einzigen Mesh. >.>
Dir ist aber schon bewusst, dass echte Wände in der regel auch eine Dicke besitzen.
Sprich: Wenn du die Wände einfach dicker machst sollte das ganze kein Problem mehr darstellen, da die Waffen zwar vll noch in der Wand verschwinden (wie gesagt: bei vielen kommerziellen Spielen auch noch der Fall), jedoch an der anderen Seite nicht mehr herauskommen.

Damits nicht mehr leistung zieht würde ich mal die Funktion d3d_set_hidden(true) verwinden.
Damit werden nämlich Polygone nur gezeichnet, wenn sie von einer bestimmten seite betrachtet werden.
Mit dieser Funktion sollte es bei dir keinen Leistungsunterschied geben.

Kilik hat ja bereits die kommerziellen Spiele angesprochen und daher hier mal vier kommerzielle "Lösungen"
1. 2D-Waffe - Seit Wolfenstein bis Duke Nukem 3D (und darüber hinaus) waren 2D-Sprites als Waffe beliebt, die einfach ins Bild gezeichnet werden (und zwar als HUD-Element).
2. 3D-Waffe nur gezeichnet - das üblichste ist diese Lösung. Die Waffe wird auf einer anderen Ebene ins Bild gezeichnet als die eigentliche Spielwelt. Sie ist kein richtiges Objekt sondern nur eine Grafik vor den Augen des Spielers - wird zwar in Echtzeiz gezeichnet aber nur Du siehst diese Grafik (wie bei Half-Life, Quake, Unreal etc.)
3. 3D-Waffe Modell - das ist genau das was Du hast. Die Waffe schwebt vor der Visage des Spielers und auch in der Spielwelt. Da Du sie frei schwenken kannst hat sie die Neigung in Wänden zu verschwinden wenn Du eine anschaust - meistens ist diese Waffe dennoch nur für den Spieler sichtbar, der sie trägt.
4. 3D-Waffe dynamisches Modell - fast schon die Königsdisziplin. Es wird die Distanz bis zu dem Punkt ermessen, den Du anschaust und wird diese zu klein, bewegt sich die Waffe zurück - das gibt's etwa bei Project I.G.I. und ich glaube auch bei F.E.A.R. und SWAT 4. Das ist eigentlich schon das ideale, zumindest für ein Singleplayer-Spiel. Eigentlich genau das, was Du brauchst.

wie wäre es mit einer distance abfrage, also ich kenn nur die eingebaute 2D Funktion, aber die hilft wenig, also muss du oder jemand anders dir eine kleine formel machen... also abfragen, ob und wie weit eine wand entfernt ist, in eine bestimmte richtung (3D). wenn sie zu nah ist lässt du die waffe näher an deinen player. so lautet das prinzip

Durch Raytracing müsste das lösbar sein. Der Haken: Ich hab keine Ahnung wie Raytracing in der Praxis in GML funktioniert ^^"